An der Theologischen Fakultät als eigenständiger Hochschule fallen die üblicherweise getrennten Funktionen der zentralen Gleichstellungsbeauftragten und die des Fachbereichs in eins. Um die Belange aller Angehörigen der Fakultät leichter in den Blick zu nehmen wurde eine Gleichstellungskommission eingesetzt, die die Gleichstellungsbeauftragte bei der Verwirklichung der Gleichstellung von Frauen und Männern an der Theologischen Fakultät Paderborn unterstützt und berät.
Der Kommission gehören neben der Gleichstellungsbeauftragten jeweils eine gewählte Vertreterin bzw. Vertreter der vier Statusgruppen Mitarbeitende der Verwaltung, Studierende, wissenschaftliche Mitarbeitende (Mittelbau) und der Professoren an. Außerdem sind die bzw. der Präventionsbeauftragte und der Beauftragte für Studierende mit Behinderungen und chronischen Krankheiten Mitglieder dieser Kommission, damit sie Anlaufstelle für alle Formen der Diskriminierung wird. Der Quästor nimmt beratend an den Sitzungen der Kommission teil.
Die Gleichstellungskommission hat die Aufgabe, die strategischen Ziele aus dem Gleichstellungskonzept zu konkretisieren und Vorschläge für die Erreichung dieser Ziele zu erarbeiten, die der Fakultätskonferenz zur Entscheidung vorgelegt werden. Bei der Befassung mit den Aufgaben sollen auch die Anliegen der schwerbehinderten und ihnen gleichgestellten Beschäftigten sowie Studierenden und der chronisch kranken Personen berücksichtigt werden.