Als Hochschule in kirchlicher Trägerschaft verleiht die Theologische Fakultät Paderborn den Magistergrad an Studierende, die ein Vollstudium in Katholischer Theologie abschließen möchten. Das Studium ist nach der Bologna-Reform in Module gegliedert und bietet einen breiten Überblick über alle Disziplinen der Katholischen Theologie.
Der Aufbau des Studiums ist zunächst recht klar geregelt. Im späteren Studienverlauf wählen die Studierenden ihren jeweiligen Schwerpunkt selbst und können sich in Seminaren zu spezifischen Themen profilieren.
Das Magisterstudium hat den Diplomstudiengang abgelöst und qualifiziert Studierende zu theologisch fundierter Arbeit im wissenschaftlichen Bereich, mit Menschen in verschiedenen Kontexten oder im kirchlichen Dienst.
Für das Erzbistum Paderborn übernimmt die Theologische Fakultät Paderborn die wissenschaftliche Ausbildung der Priesteramtskandidaten und der Pastoralreferentinnen und -referenten.