2004 hat sich die Theologische Fakultät bereiterklärt, für die Studiengänge mit Philosophieanteilen an der Universität Paderborn ihre Lehrveranstaltungen im Bereich der Philosophie zu öffnen. Studierende im Fach Philosophie an der Universität Paderborn erhalten an der Theologischen Fakultät einen gebührenfreien Zweithörerstatus und können Prüfungen für die entsprechenden Studiengänge der Universität ablegen.
Im Bereich der Theologie stehen Lehrveranstaltungen an der Theologischen Fakultät nach Bedarf des Instituts für katholische Theologie an der Universität für deren Studierende offen. Regelmäßig werden kooperative Seminare zwischen den Lehrenden der Theologischen Fakultät und dem Institut für katholische Theologie an der Universität angeboten.