Zur Bibliothek gehört als Depositum seit 1909 auch die bedeutende Bibliotheca Theodoriana (ca. 6.000 Bände sind noch vorhanden), die 1614 von Fürstbischof Dietrich von Fürstenberg als Bibliothek der ehemaligen Jesuiten-Universität gegründet wurde. Auch das Archiv des ehemaligen Jesuitenkollegs (Archiv des Paderborner Studienfonds) befindet sich heute in der Akademischen Bibliothek.
In der Theodoriana, die auch während und nach der Säkularisation bestehen blieb, wurden am Anfang des 19. Jahrhunderts viele sehr alte Drucke und Handschriften aus den aufgehobenen Klöstern des Paderborner Landes (Benediktinerkloster Abdinghof und Augustiner-Chorherrenstift Böddeken, Paderborner Kapuziner) integriert. Neben der Theodoriana befinden sich in der Akademischen Bibliothek ein großer Teil der Klosterbibliothek der ehemaligen Reichsabtei Corvey (ca. 2.500 Bände) und zahlreiche weitere Bücherdeposita aus alten Pfarreien. Diese konservatorische Aufgabe wird zunehmend wichtiger.
Die Bibliothek verwaltet das Archiv und die Bibliothek des im Jahr 1824 gegründeten Vereins für Geschichte und Altertumskunde Westfalens, Abt. Paderborn. Zu den Beständen des Vereins zählen auch zahlreiche Dokumente jesuitischer Provenienz.